История ФГУП «Крыловский государственный научный центр» началась в 1980 году с утверждения Морским комитетом проекта создания в городе Санкт-Петербург опытового бассейна для определения методом натурных испытаний моделей кораблей необходимой мощности гребных силовых установок и изучения возможности снижения мощности гребной силовой установки за счет изменения формы корпуса судна.
Опытовый бассейн Морского ведомства России начал работу 8 марта 1894 года, а в 1900 году заведующим опытовым бассейном был назначен капитан по Адмиралтейству А.Н. Крылов, который стал основоположником создания научно-исследовательского учреждения кораблестроения, которое должно заниматься вопросами изучения судовой гидродинамики, разработкой и применением новых конструкционных материалов, исследованию вопросов прочности в судостроении, разработкой и применением механического и электрического судового оборудования.
В 1931 году на базе Опытового бассейна создан «Научно-исследовательский институт военного кораблестроения», сокращенно — «НИВК». К этому моменту институт выполнял проектирование всех видов боевых и вспомогательных кораблей и подводных лодок, а так же разработкой нормативно-технической базы судостроения.
В 1938 году «НИВК» был преобразован в головной научно-исследовательский институт судостроения НИИ-45, а позднее стал центральным научно-исследовательским институтом — ЦНИИ-45.
В годы Великой Отечественной Войны сотрудники института продолжали заниматься научными исследованиями в области судостроения, часть института была эвакуирована в Казань и Горький (Нижний Новгород). Оставшиеся в Ленинграде сотрудники института выполняли работы по технической поддержке судостроительных предприятий, выполняли ремонт двигателей торпедных катеров, ремонту и восстановлению поврежденных боевых кораблей.
В 1944 году ЦНИИ-45 было присвоено имя Академика Крылова. С учетом опыта Великой Отечественной Войны в послевоенные годы в институте начали развивать теоретическую базу судостроения. В 1950 году началось проектирование первой атомной подводной лодки проекта 627.
За годы работы институтом разработаны суда, корабли и подводные лодки успешно эксплуатирующиеся в нашей стране и за рубежом,создана мощная научно-исследовательская база, выполнены фундаментальные исследования по основным направлениям кораблестроения.
Сегодня ФГУП «Крыловский государственный научный центр» является флагманом отечественной судостроительной отрасли и выполняет проектирование судов и судового оборудования для нужд военно-морского флота, нефтегазовой промышленности и транспорта.